În acest secol şi Transilvania îşi va schimba statutul. Mai întâi ea va fi pârjolită de războiul ţărănesc din 1514, condus de Gheorghe Doja.
Înfrângerea sa şi legile antiţărăneşti, codificate în Tripartitul lui Werböczi, vor îndepărta masele largi de lupta antiotomană. După ce oastea maghiară este zdrobită la Mohacs (1526) şi cea mai mare parte a Ungariei ocupată, Transilvania devine obiect de dispută între habsburgi şi turci.
Ioan Zapolya este recunoscut voievod şi de Petru Rareş care-i acordă tot sprijinul. În 1538, el încheie un acord cu Ferdinand de Habsburg, astfel încât la moartea sa Transilvania să devină habsburgilor. Turcii nu sunt însă de accord şi transformă în 1541, Ungaria Centrală şi Sudică în paşalâc, cu capitala la Buda, iar Transilvania devine Principat autonom sub suzeranitate otomană.
Lupta între habsburgi şi turci şi organizarea statului au loc pe fondul pătrunderii reformei în Transilvania. Ungurii de aici acceptă calvinismul, saşii lutheranismul, o parte a populaţiei rămâne catolică, iar alta va deveni unitariană. Cu acordul turcilor, de altfel foarte culanţi cu păturile privilegiate, se va organiza noua formă de stat, care va păstra neschimbată ordinea dinainte de venirea lor.
Transilvania devenea Principat autonom sub suzeranitate turcească, condus de un principe ales de Dietă şi confirmat de sultan. Îşi păstrează Dieta în care intră numai reprezentanţi ai ungurilor, saşilor şi secuilor, se păstrează şi celelalte instituţii ale ţării, iar pe plan religios sunt recunoscute cele patru religii recepte: catolică, lutherană, calvină şi unitariană. Românii şi religia lor ortodoxă sunt excluşi din viaţa politică a principatului. Dorind să se impună în Transilvania faţă de habsburgi, turcii vor stabili un tribute mic şi permit menţinerea în principat a principiilor din „Unio Trium Nationum”.
Stăpânirea turcească se va consolida după ce Ferdinand de Habsburg devine împărat al Imperiului Romano-German (1556) şi în condiţiile în care principatul se orientează spre strângerea legăturilor cu celelalte două ţări româneşti, în care otomanii erau de mult suzerani. Impunerea suzeranităţii otomanilor asupra celor trei ţări se datorează şi politicii de neintervanţie a marilor puteri europene, care apelează chiar la alianţe cu turcii (Franţa în 1534). Preocupate de marile descoperiri geografice şi de reforma religioasă, apoi de cuceririle coloniale, ele lasă sud-estul şi chiar o parte din centrul Europei la dispoziţia turcilor.
